El momento histórico que vivió el país en la década de los noventa implicó un incremento significativo en las funciones que debió desempeñar el Ejército Nacional, lo cual exigió la especialización de sus miembros en los distintos campos de la ciencia militar.
La proyección del conflicto interno con base en la estrategia de la subversión de urbanizar el combate, requirió de forma inmediata una respuesta acertada mediante operaciones de combate urbano, de acuerdo con la doctrina y las situaciones especiales de guerra irregular que debió afrontar en el caso particular la Policía Militar.
El inicio de las actividades de docencia en la Escuela de Policía Militar fue una necesidad sentida de la fuerza, su consolidación inmediata fue importante para constituirse en un catalizador de misiones inherentes.
Las tácticas, las técnicas y procedimientos de las operaciones de Policía Militar requirieron una revisión y estudio para actualizar la doctrina que se encontraba descontextualizada respecto del sistema operacional de la Fuerza.
A buena hora el Comando del Ejército dispuso la creación y activación de la Escuela de Policía Militar, como una Unidad de la Decimo Quinta Brigada, designando en esta responsabilidad al Batallón de Policía Militar No.13, que a pesar su actividad operacional, venía cumpliendo con la misión de capacitar cuadros en la especialidad.
El Ejército colombiano cuenta con una Escuela de Policía Militar, que a nivel de los Ejércitos de Latinoamérica y a pesar de lo recién creada, tiene una doctrina actualizada, unificada y propia, que está siendo aplicada día a día por las seis Unidades Técnicas y 15 Compañías de Policía Militar, orgánicas de los batallones de servicio de nuestras brigadas, que son un indicador más para la profesionalización de la especialidad.
La Escuela de Policía Militar fue creada y activada mediante disposición No. 00013 del 7 de noviembre de 1996 del Comando del Ejército.
Las situaciones de orden público interno, especialmente lo relacionado con el combate urbano y la proliferación de las llamadas campesinas despertaron el interés del Comando del Ejército para activar un centro de instrucción y capacitación de los Policías Militares de la institución, el cual serviría para actualizar y difundir la doctrina de la especialidad.
La propuesta inicial fue crear un departamento de Policía Militar dependiente o de la Escuela de Ingenieros y de la Escuela de Suboficiales.
La idea complementada con el estudio del Estado Mayor que realizó la Decimoquinta Brigada, donde se recomendó al Comando Superior de la Escuela de Policía Militar como otra unidad de la Decimoquinta Brigada, con capacidad para instruir a todo el personal de oficiales y suboficiales del Ejército Nacional.
El Comando del Ejército designó al señor Mayor Rubén Darío Alzate Mora del arma de Caballería como el primer Comandante de la Escuela y de igual forma designó a cuatro oficiales, 10 suboficiales y 18 soldados para fundar la unidad.
El 27 de noviembre en ceremonia especial llevada a cabo en el campo de paradas “Gustavo Rojas Pinilla” del Batallón No.13 de Policía Militar, el señor General Harold Bedoya Pizarro, Comandante del Ejército, hizo entrega de la bandera de guerra al Comandante de la escuela. A partir de ese momento la Escuela como unidad del Centro de Educación Militar ha cumplido la misión impuesta por el mando.